مؤسس الكنيسة الأرثوذكسية في اليابان هو القديس العظيم “نيقولاوس كساتكين” (1836 – 1912) حين وصل إلى اليابان في سنة 1861 بصفته كاهناً للقنصلية الروسية، واعتمد أول مؤمن على يديه سنة 1868، بعدها بأربع سنوات سيم يابانيان أرثوذكسيان كاهنين. أو اسقف ياباني هو “جان أونو” كان أرمل، وصهراً لأول مهتدٍ ياباني. ويوجد، بحسب دراسة في 1965، نحو أربعين رعية يابانية و 36,000 مؤمن والأيقونة على اليسار هي أيقونة القديس نيقولاوس، وفي قسم “سير القديسين” هناك دراسة عن القديس “نيقولاوس رئيس أساقفة اليابان”. لذلك لن ندخل في سيرة هذا القديس بشكل موسع.
في عام 1970 عندما كانت الكنيسة الروسية تحت الحكم الشيوعي حصلت الكنيسة اليابانية الأرثوذكسية على شبه استقلال، في فترة الحرب الروسية اليابانية (1904 – 1905) كان وقت عصيب جداً على الأرثوذكس في اليابان، وبعد الثورة البلشفية اصبحت الكنيسة الأرثوذكسية موضع شك فقالوا أنها تستخدم كغطاء للتجسس الشيوعي الروسي، فكان وقت أصعب مما سبق. ومدرسة طوكيو الاكليريكية التي أغلقت في سنة 1919 اعيد فتحها سنة 1954.
За време Другог светског рата епископ града Сергија је умро под чудним околностима, које су биле веома тешке за хришћане у Јапану. После Другог светског рата, Руска православна црква у Америци помогла је Православној цркви у Јапану да обнови Јапанску православну цркву. Број православаца у Јапану (према студији из 1957-1965. године нове ере) се редовно повећава: 317 годишње, од којих су већина млади људи од четрнаест до двадесет једне године, поред три универзитетска професора. Број парохија је мали, не прелази сто педесет хиљада.
Садашњи епископ:
المطران الحالي لليابان هو سيادة المطران دانيال (Daniel Nushiro) وقبل انتخابه أسقف طوكيو عام 1999. كان سيادته أسقف كيوتو Kyoto. وقبل سيادة المطران دانيال كان ثيودوسيوس Theodosius Nagashima وهو أول ياباني يصبح مطراناً على طوكيو.