Justinian forlod ikke en efterfølger og samarbejdede ikke med nogen i den lilla. Men han stolede på sin nevø Justin og konsulterede ham om statslige anliggender. Senatorerne følte denne tillid og elskede Justinius, så de stolede på hans valg umiddelbart efter den gamle kejsers død. Justinian nåede en alder af treogfirs, og sidstnævnte blev syg, og han sagde ikke et eneste ord, der viste, at han ønskede, at han skulle efterfølge ham ved magten. Han var næsten forpustet om efterårsnatten, så Justin og hans kone, Sophia, sad i et af vinduerne i deres palads med udsigt over Bosporus og ventede. Ved daggry underrettede budbringeren dem om kejserens død. Vi håber, at sheikherne vil tage ansvaret for afgørelserne. Traditionen dikterede, at Justin afviste håbet, så det gjorde han. Så tog han imod og gik straks til paladset (14. november 565. Han gik ud med ham iført lilla og prydet med juveler, som Belisarius havde fundet tilbage fra goterne. Soldaterne rejste ham på skjoldet. Så støttede kirken ham, så hovedstadens patriark velsignede ham og satte kronen på hans hoved.
Justin var aktiv, flittig, modig og dristig Han afholdt sig fra at betale de årlige tilskud til barbarerne, "som beløb sig til tre hundrede tusinde lire i guld fjerne bekymring og modgang fra alle fag. Men begivenhederne kom den ene efter den anden, stærke og voldsomme, og de medførte, hvad han ikke ønskede. Justinus var, på trods af sine fortjenester, stolt, arrogant og mangel på opfindsomhed. I slutningen af året 573 led han en klar psykisk skade, så hans kone, Sophia, påtog sig ansvaret for at udføre regeringens pligter med hjælp fra vagtens kommandant, Tiberius den Troværdige. Derefter adopterede Justin Tiberius og erklærede ham den 7. december 574 for Cæsar. Tiberius styrede sager i sin herres navn i fire på hinanden følgende år, indtil Justinus regerede og regerede alene.
Trinitarisme: Skismaet førte til ekstremisme gennem vildledning En apamit ved navn John Iscosnag lærte i Konstantinopel i år 557, at Kristus har én natur, og at hver af hypostaserne har én særlig natur. Han blev afskåret, forvist og døde. Hans tilhængere var splittede, så John Philoponus, den Alexandriske professor, underviste om gudernes treenighed og sagde, at den menneskelige krop blev udslettet i henhold til både form og stof. Conon, biskop af Tarsus, lærte, at den menneskelige krop kun er dødelig i forhold til udseendet. Demian, en af patriarkerne af Den Ene Natur i Alexandria, troede på Guddommens kvadratiske, hvilket betyder, at han betragtede en særlig eksistens for hver af de tre hypostaser og en fjerde, generel eksistens for alle tre sammen.
Justin II og Kirken: På trods af Justinians fiasko i at bejle til dem, der troede på én natur, ændrede Justin ikke noget fra sin store onkels plan. Dens pioner forblev ved at forene rækkerne, og dens midler forblev enten kompromis i doktrin eller pres i administrationen. Hans kones mystik adskilte sig ikke fra hendes kusine Theodoras. De talte begge om én natur på samme måde som Severus fra Antiokia, og de støttede begge monofysitterne med den visdom, intelligens og evne, de fik.
Justin begyndte sit religiøse program ved at sende de eksilbiskopper tilbage til deres hjemlande. Så modtog Theodosius patriarken Alexandria, som stadig var i eksil langt fra sit bispedømme, med stor varme. Efter sin død i år 566 beordrede Justin, at hans begravelse skulle gives en stor, luksuriøs begravelse. Han var tålmodig og lyttede til de to trekanter i hovedstaden og til deres modstandere, monofysitterne, der forsøgte at reformere og forene rækkerne. Sufia opfordrede til en semi-permanent konference i Konstantinopel for at bringe de stridende fædres synspunkter nærmere. Så kom Yacoub ElBaradei, og andre senior monofysitter kom, og den personlige gnidning varede i et helt år, men til ingen nytte. Justinus tyede til udtalelser, forbud og administrativt pres. I år 567 udstedte han et Enoticon, der bestemte at forkaste de tre kapitler, acceptere Severus fra Antiokia og ignorere rådet i Chalcedon. Men monofysitterne insisterede på nødvendigheden af åbent at anerkende den ene natur. Så Justin beordrede sin ambassadør i Persien, John, til at besøge Syrien ved hans tilbagevenden og forsøge at overbevise de monofystiske fædre til at acceptere Enotikonet og handle i overensstemmelse med det. Således ser vi fædrene samlet ved Raqqa Callinicum i år 567 for at rådføre sig med Johannes Pingvinen om spørgsmålet om Enotikonet. ElBaradei og andre gav efter, men flertallet af fædre forblev mistænksomme over for enhver imperialistisk løsning af denne art. Nogen rejste sig og snuppede det kejserlige dokument fra læserens hånd, rev det op, og Johannes vendte tilbage til Konstantinopel i fiasko.
Justinus gentog sagen og insisterede på at nå til enighed og informerede senior Menophysites om teksten til en ny aftale, før han udstedte den. I år 571 fremhævede han det andet enotikon, som anerkendte én inkarneret natur, men kun i teorien, og anerkendte en forskel mellem to naturer, guddommelige og menneskelige, med en implicit anerkendelse af Chalcedons råd og fortsættelsen af bruddet, der ramte Severus af Antiokia.
Tiberius og Mauricius: Tiberius overtog magten i efteråret 574. Han stoppede forfølgelsen af menofikerne og tillod ElBaradei at forlade sit eksil og vende tilbage til Konstantinopel. Efter Johannes, patriarken af Konstantinopel, vendte han tilbage Euphticius fra eksil og overrakte ham protektionens krykke i 577. Euphticius vendte tilbage til sin tidligere entusiasme for at presse og begrænse menofikerne, så Tiberius fortalte ham sit historiske ordsprog: " Vær tålmodig, for barbarerne er mange, og det er bedre at bekæmpe dem.”
Mauricius fulgte denne plan i sin holdning til kirken og dens problemer. Han var afbalanceret og moderat, så han fastholdt sin ortodoksi og gik ikke til ekstremer, og han begrænsede heller ikke monofysitterne og andre. Han var blevet ven med Gregor den Store, pave af Rom, da han stadig var repræsentant for det gamle Rom ved det kejserlige hof i det nye Rom, så han fastholdt og styrkede dette venskab. Mauricius Gregorius, patriark af Antiokia, og Johannes den Faste, patriark af Konstantinopel, respekterede og samarbejdede tæt med dem. Det mærkelige er, at den syriske tradition gjorde denne kejser til en helgen.
Gregory, patriark af Antiokia: (570-593) Kejser Justin samarbejdede ikke med Anastasius, patriark af Antiokia. Måske var grunden til dette, at Anastasius var fuldstændig loyal over for den ortodokse tro, og at hans stivhed i religion ikke matchede Justinians fleksibilitet i politik. I år 570 blev striden mellem de to monarker intensiveret, og kejseren anklagede patriarken for at sige noget upassende for det sunnimuslimske samfund og spilde kirkens midler, så Anastasius blev tvunget til at forlade Antiokia til Jerusalem. Gregory, leder af Sinai-klosteret, blev udnævnt i hans sted. Han styrede flokken med fromhed og gudsfrygt indtil sin død i år 593. Anastasius blev genoprettet til apostlenes arvefølge og fortsatte med at vogte den med beslutsomhed og iver indtil sin død i år 598.
Den syriske kirke og den melkitiske kirke: Justinians efterfølgere modererede deres holdning til monofysitterne, og de var i stand til at organisere deres anliggender, og i den sidste fjerdedel af det sjette århundrede slog de sig ned i en selvstændig kirke. De gav den universelle moderkirke et nyt navn, der blev populært blandt dem: Kongekirken, hvilket betyder, at det var Kongens Kirke i Konstantinopel.
