عام 1860، فيما كان يتابع سنته الرابعة في أكاديمية بطرسبرج اللاهوتية، قرأ رسالة مجمعية طلب المجمع الروسي المقدس فيها متطوعاً يرغب في ان يصبح كاهناً لدى القنصلية الروسية في خاكوندات في اليابان. هذه اعتبرها القديس نيقولاوس علامة من الله ليباشر مهمته الرسولية. أنهى دروسه اللاهوتية وصُيِّر راهبا باسم نيقولاوس، ثم سيم شماساً فكاهناً وانطلق الى الشرق الأقصى، عبر سيبيريا، وبلغ خاكوندات بعد عشرة أشهر.
لم تكن ظروف الحياة في البلاد ملائمة لإنشاء إرسالية ارثوذكسية. العادات اليابانية بعيدة كل البعد عن المسيحية، والسلطات لا تسمح بالتبشير. تعلم نيقولاوس اللغة اليابانية. وبعد سنوات من العمل الدؤوب الذي تعرّض خلاله لأخطار جمّة من جانب السلطات المحلية، تمكّن من هداية كاهن وثني يدعى ساوابي وطبيب يدعى ساكايا. ومن خلال هذين المهتديين وبمعاونتهما تمكن نيقولاوس من تأسيس رعية صغيرة ضمّت خمسة عشر شخصاً. عملت الجماعة الجديدة بكثير من الحيطة، دونما ضجّة، فترة من الزمان. همّ نيقولاوس تركّز على تنشئة الجماعة تنشئة حقيقية متينة.
وكان على الجماعة ان تنتظر خمسة عشر عاماً، الى السنة 1873، لتأذن السلطات بإنشاء إرسالية روسية ارثوذكسية رسمية بإدارة الارشمندريت نيقولاوس. انتقل المركز البشاري الى طوكيو، العاصمة الجديدة للامبراطورية. وبفضل حمية القديس ونشاطه بلغ عدد المهتدين الألف.
عام 1875 جرت سيامة اول كاهن ياباني، وفي 1885 صُيِّر نيقولاوس اول اسقف على اليابان. رغم الصعوبات المالية للجماعة الناشئة تمكنت من بناء كاتدرائية في طوكيو.
أسس القديس مدارس لتعليم الموعوظين والمؤمنين. عام 1878 أنشأ مدرسة لاهوتية لإعداد الكهنة الناطقين باليابانية. القصد كان إعداد الأشخاص المناسبين لنقل النصوص المقدسة اللازمة للحياة المسيحية الى اللغة اليابانية. كان همّ القديس نيقولاوس إنشاء كنيسة محلية ناطقة باليابانية تنبع من الشعب المهتدي ولا تنفصل عنه.
رقد القديس نيقولاوس في 3 شباط 1912 بعد خمسين سنة من العمل الدؤوب.