Једног дана Петар се састао са муслиманским шеицима, па је пред њима изјавио да верује у Христа и осудио њихово неверовање. Старци су се побунили против њега и хтели да га убију. Због њега је у граду настала пометња.
Муслимани су послали писмо Омару, сину халифе Ал-Валида бин Абдул-Малика (705-715). Тако је Омар послао једног од својих службеника да сазна да ли оптужени има проблема са умом или има пуне менталне способности, у ком случају ће се предузети одговарајуће мере у вези са њим. Име официра је било лажно. Овај човек је отишао код Капитолија и испитивао Петра, који га је затекао будног и свесног, потпуно свесног шта говори. Ставио му је лисице, ставио га под строгу стражу и спречио било кога хришћанина да му приђе. Написао је и текст испитивања и послао га Омару да одлучи о његовој ствари.
أمر عمر بأن يساق بطرس الكاهن إلى دمشق ليمثل أمامه. وهكذا حصل. كان بطرس قد امضى في سجن كابيتولياس ما يزيد على الشهر من الزمن. وفي اليوم التالي لوصوله الى دمشق. أحضره عمر لديه وقال له: “لقد علمت انك اذ كنت مريضاً تفوّهت بكلام أثيم. وانا من جهتي، نسبت ذلك الى اختلال في عقلك. ولكن ها قد استعدت عافيتك. ومع ذلك ما زلت ساقطاً في الضلال. اني شفقة عليك، أعطيك فرصة للنجاة من العقاب، فاعترف بأنك اخطأت. لك ان تختار بين الحياة الموت”.
Међутим, Петеров одговор био је супротан од онога што је Омар желео. Наредио је да га пошаљу код калифа, који је издао наређење да га треба вратити у домовину, како би се позвали становници Капитолије и околине, грађани и странци, мушкарци, жене и деца, почев од деца осуђеника и његових сродника. Онда кад дођу, џелат му ишчупа језик из дубине. Сутрадан му је одсечена десна рука и нога и цео дан је остао у мукама. Затим се трећег дана сакупе хришћани из тих крајева, посебно свештеници и монаси, и пред њима му се ампутирају рука и друга нога, а очи врелим гвожђем пеку. Након тога се пет дана обеси на крст, затим тело, сви одсечени органи, одећа и крст спаљују огњем, а пепео се разбацују по језеру Јармук и уклањају трагове крви тако да хришћани неће имати никаквих остатака од њега да чувају као благо.
ولما حانت ساعة تنفيذ الحكم تليت على الملأ العقوبة فأجاب بطرس بصوت مرتفع بآخر آية من المزمور 95: “…انه آت. آت ليدين الارض”. ثم تلا المزمور 120 كاملا: “…معونتي من عند الرب صانع السماء والارض…”.
Чим га је завршио, његови џелати су почели да извршавају казну. Наставили су са тим све док нису испунили тачно оно што је калиф наредио.
Причало се да су, када су његови џелати хтели да скину његово тело са крста, неки побожни верници иступили и узели га на своја рамена, али су их војници брзо удаљили.
Мучеништво Светог Петра се испунило тринаестог јануара 715. године. Црква га слави на дан његове мученичке кончине.