Il fondatore della Chiesa ortodossa in Giappone fu il grande San Nicola Kasatkin (1836 - 1912) quando arrivò in Giappone nell'anno 1861 come sacerdote presso il consolato russo. Il primo credente fu battezzato dalle sue mani nel 1868, e quattro anni successivamente furono ordinati sacerdoti due ortodossi giapponesi. O un vescovo giapponese, “Jan Ono”, che era vedovo e genero del primo convertito giapponese. Ci sono, secondo uno studio del 1965, una quarantina di parrocchie giapponesi e 36.000 credenti, e l'icona a sinistra è l'icona di San Nicola, e nella sezione “Biografie dei Santi” c'è uno studio su San Nicola, arcivescovo del Giappone. Pertanto, non approfondiremo ampiamente la biografia di questo santo.
Nel 1970, quando la Chiesa russa era sotto il dominio comunista, la Chiesa ortodossa giapponese ottenne la semi-indipendenza. Durante la guerra russo-giapponese (1904-1905), fu un periodo molto difficile per gli ortodossi in Giappone dopo la rivoluzione bolscevica. la Chiesa ortodossa divenne sospettata. Dissero che veniva usata come copertura per lo spionaggio comunista russo, era un momento più difficile di prima. La Tokyo Seminary School, chiusa nel 1919, fu riaperta nel 1954.
Durante la seconda guerra mondiale, il vescovo della città di Sergio morì in circostanze strane. Erano circostanze molto dure per i cristiani in Giappone. Dopo la seconda guerra mondiale, la Chiesa ortodossa russa in America aiutò la Chiesa ortodossa in Giappone a ricostruire la Chiesa ortodossa giapponese. Il numero degli ortodossi in Giappone (secondo uno studio del 1957-1965 d.C.) aumenta regolarmente: 317 all'anno, la maggior parte dei quali sono giovani tra i quattordici ei ventuno anni, a cui si aggiungono tre professori universitari. Il numero delle parrocchie è piccolo, non supera le centocinquantamila.
Vescovo attuale:
L'attuale vescovo del Giappone è Sua Eminenza il Vescovo Daniel (Daniel Nushiro). Prima della sua elezione a Vescovo di Tokyo nel 1999, Sua Eminenza era Vescovo di Kyoto. Prima della supremazia del vescovo Daniele, Teodosio Nagashima fu il primo giapponese a diventare vescovo di Tokyo.
