Kutsal Havarilerin Elçilerinin İşleri'nde bahsedildiği gibi, Kıbrıslılar birinci yüzyılda Hıristiyanlığa geçtiler.
45 yılından itibaren Kutsal Havariler Pavlus, Barnabas ve Markos Kıbrıs'ta Hıristiyanlığı yaydılar. Aziz Lazarus, dirilişinden sonra Kitio (Larnaka) şehrinde piskopos olarak atandı. 431 yılında Efes şehrinde yapılan Üçüncü Ekümenik Konsil'de 8 No'lu Kanunla Kıbrıs Kilisesi'ne özerklik verildi. Birinci yüzyıldan günümüze kadar piskopos ve başpiskoposların adlarının yer aldığı bir tablo bulundu.
1960 yılında Kıbrıs Başpiskoposu III. Makarios'un Kıbrıs Başbakanı seçildiği seçimler yapıldı. Bu, Ortodoks Kilisesi'nde nadir görülen bir şey olarak görülüyor.
Kıbrıs, 15 Temmuz 1974'ten itibaren Türklerin adanın 37% alanını işgal etmesi ve nüfusunun üçte birini zorla topraklarını terk etmeye zorlamasıyla Türk işgaline maruz kaldı.
Makarios III, 1950 - 1977 yılları arasında Kıbrıs Başpiskoposu olarak kaldı ve 13 Kasım 1977'de Chrysostomos, Kıbrıs Başpiskoposu seçildi. 12 Kasım 2006'da II. Chrysostoms Kıbrıs Başpiskoposu seçildi.
Bugün Kıbrıs Kilisesi'nde 9 piskopos ve 41 manastır bulunmaktadır ve 1965 istatistiklerine göre rahip sayısı 700'dür. Bugünkü sürünün sayısı yedi yüz bin civarındadır.
