Przed ofiarą Chrystusa na krzyżu modlił się żarliwie za wszystkich, którzy uwierzą w Jego imię, prosząc Ojca, aby zachował ich w jedności Bożej. Te słowa Chrystusa nie są wezwaniem do jedności zewnętrznej, ale absolutnej jedności wewnętrznej, na wzór jedności trzech Osób Trójcy Świętej, czyli tej, którą człowiek utracił wskutek upadku. Opiera się na trzech hipostazach i reprezentuje je, co oznacza zbawienie i doskonałość człowieka.

W okresie następującym po epoce apostolskiej pozycja apostołów w Kościele, zgodnie z definicją biblijną, przeszła na biskupów. Władza biskupa we wczesnym Kościele była władzą Chrystusa i Kościoła, a nie władzą osobistą. Tak jak apostołowie mieli „umysł Chrystusowy”, tak i decyzje, które podejmowali w sprawach kościelnych, były kierowane przez Ducha Świętego, a nie od nich.

Wyższe narodzenie, o którym mówi Chrystus, to „obmycie drugiego narodzenia i odnowa pochodząca od Ducha Świętego”, czyli otrzymanie Ducha Świętego przez chrzest dokonywany w imię Trójcy Świętej. To obecność Ducha Świętego odnawia narodzenie człowieka. Ta obecność dokonuje się w Kościele poprzez sakrament chrztu i inne sakramenty

Kościół jest łącznikiem między samymi ludźmi i między nimi a Bogiem, w formie partnerstwa istniejącego między Trójcą Świętą. W tym sensie w Raju istniał Kościół, ale upadek człowieka od pierwszej komunii doprowadził do Kościół przenoszący się z Raju na Ziemię.