Avant le sacrifice du Christ sur la croix, il a offert une fervente prière à tous ceux qui croiraient en son nom, demandant à son Père de les préserver dans l'unité divine. Ces paroles du Christ ne sont pas un appel à l'unité extérieure, mais plutôt à l'unité intérieure absolue, semblable à l'unité des trois personnes dans la Sainte Trinité, c'est-à-dire à l'unité que l'homme a perdue à cause de la chute. Il est basé sur et représente les trois hypostases, et signifie le salut et la perfection de l'homme.

Dans la période qui suivit l’ère apostolique, la position des apôtres dans l’Église, telle que définie par la Bible, passa aux évêques. L’autorité de l’évêque dans l’Église primitive était l’autorité du Christ et de l’Église et non une autorité personnelle. Tout comme les apôtres avaient « la pensée du Christ », les décisions qu’ils prenaient dans les affaires de l’Église étaient guidées par le Saint-Esprit et non par eux.

La naissance supérieure dont parle le Christ est « la purification de la seconde naissance et le renouveau venant du Saint-Esprit », c'est-à-dire la réception du Saint-Esprit par le baptême qui a lieu au nom de la Sainte Trinité. C'est la présence du Saint-Esprit qui renouvelle la naissance de l'homme. Cette présence s'effectue au sein de l'Église à travers le sacrement du baptême et d'autres sacrements

L'Église est le lien entre les humains eux-mêmes et entre eux et Dieu, sous la forme du partenariat existant entre la Sainte Trinité. En ce sens, il y avait une Église au Paradis, mais la chute de l'homme de la première communion a conduit à la L'Église passe du Paradis à la Terre.