Înainte de jertfa lui Hristos pe cruce, el a făcut o rugăciune fierbinte pentru toți cei care vor crede în numele Său, cerând Tatălui său să-i păstreze în unitatea divină. Aceste cuvinte ale lui Hristos nu sunt o chemare la unitatea exterioară, ci mai degrabă la unitatea interioară absolută, asemănătoare unității celor trei persoane din Sfânta Treime, adică unității pe care omul a pierdut-o din cauza căderii. Se bazează pe și reprezintă cele trei ipostaze și înseamnă mântuirea și desăvârșirea omului.

În perioada care a urmat Epocii Apostolice, poziția apostolilor în Biserică, așa cum este definită de Biblie, a trecut la episcopi. Autoritatea episcopului în biserica primară era autoritatea lui Hristos și a bisericii și nu era o autoritate personală. Așa cum apostolii aveau „mintea lui Hristos”, deciziile pe care le luau în chestiunile bisericești erau conduse de Duhul Sfânt și nu de ei.

Nașterea superioară despre care vorbește Hristos este „spălarea celei de-a doua nașteri și reînnoirea venită de la Duhul Sfânt”, adică primirea Duhului Sfânt prin botezul care are loc în numele Sfintei Treimi. Prezența Duhului Sfânt este cea care reînnoiește nașterea omului. Această prezență se produce în interiorul Bisericii prin sacramentul botezului și prin alte sacramente

Biserica este legătura dintre oamenii înșiși, și între ei și Dumnezeu, sub forma parteneriatului existent între Sfânta Treime. În acest sens, a existat o Biserică în Paradis, dar căderea omului de la prima comuniune a dus la Biserica se mută din Paradis pe Pământ.