Оснивач православне цркве у Јапану био је велики Свети Николај Касаткин (1836 - 1912) када је стигао у Јапан 1861. године као свештеник у руском конзулату.Први верник је крштен од његове руке 1868. године, а четири године касније су за свештенике рукоположена два јапанска православна. Или јапански бискуп, „Јан Оно“, који је био удовац и зет првог јапанског преобраћеника. Према студији из 1965. године има четрдесетак јапанских парохија и 36.000 верника.Икона лево је икона Светог Николе.У одељку „Житија светих“ налази се студија о Светом Николају, архиепископу јапанском. Стога се нећемо опширно упуштати у биографију овог светитеља.

1970. године, када је Руска црква била под комунистичком влашћу, Јапанска православна црква је стекла полунезависност.Током руско-јапанског рата (1904-1905) било је то веома тешко време за православне у Јапану.После бољшевичке револуције, Православна црква је постала под сумњом.Рекли су да се користи као параван за шпијунажу.Руски комунисти, било је теже време него раније. Богословија у Токију, која је затворена 1919. године, поново је отворена 1954. године.

За време Другог светског рата епископ града Сергија је умро под чудним околностима, које су биле веома тешке за хришћане у Јапану. После Другог светског рата, Руска православна црква у Америци помогла је Православној цркви у Јапану да обнови Јапанску православну цркву. Број православаца у Јапану (према студији из 1957-1965. године нове ере) се редовно повећава: 317 годишње, од којих су већина млади људи од четрнаест до двадесет једне године, поред три универзитетска професора. Број парохија је мали, не прелази сто педесет хиљада.

Садашњи епископ:

 Садашњи Епископ Јапана је Његово Преосвештенство Епископ Данило (Даниел Нуширо).Пре избора за Епископа Токија 1999. године, Његово Преосвештенство је био Епископ Кјота. Пре превласти епископа Данила, Теодосије Нагашима је био први Јапанац који је постао епископ Токија.